これが機能しない理由はわかりませんが、次のことを試しました。
$('#elemid').prop('checked', true);
$('#elemid').attr('checked', true);
$('#elemid').attr('checked', 'checked');
IE9 は、コードの実行時に実際にチェックボックスをオンにすることを絶対に拒否します。console.log が原因でコードが実行されていることはわかっています。
ただし、チェックされた要素はありません。
このコードは、FF と Chrome で完全に機能します。ここで何か不足していますか?