Windows コマンド ラインを使用して次の exe を呼び出すことはできますが、exec() 関数を使用すると機能しません。
そのexeファイルに引数としてディレクトリを渡す必要があります。
アップデート:
$command = '""C:\\Users\\cArn\\Documents\\Visual Studio 2010\\Projects\\word_to_pdf\\word_to_pdf\\bin\\Debug\\word_to_pdf.exe" "C:\\wamp\\www\\zabjournal\\files\\journals\\1\\articles""';
exec($command);
まだうまくいかないようです。