この質問は、コマンド ライン Linux から Java プログラムを実行するのとまったく同じです。
単一の Java クラスを実行する方法は知っていますが、Eclipse には特別なディレクトリ アーキテクチャがあります。
+- root
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+- folder-1
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| +- src
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| +- bin
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+- folder-2
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+- folder-3
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| +- src
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| +- package1
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| | +- subpackage
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| | |- Main.java
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| +- package2
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| +- package3
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| +- package4
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+- folder-4
各フォルダーの「src」フォルダーを「bin」フォルダー内にコンパイルすることができました。メインの「src」(特定のフォルダーの外側) は、メインの「bin」フォルダーに均等にコンパイルされます。
私の質問は、サブパッケージにあるいくつかのクラスを使用し、メインの「src」フォルダーにある補助クラスも使用する Linux コマンドライン Main.java から実行する方法です。