OS X 10.6.8 ではこれを再現できません:
sage: version()
'Sage Version 4.8, Release Date: 2012-01-20'
sage: R.<t> = GF(4)
sage: R
Finite Field in t of size 2^2
sage: A = Matrix(R, [[t, 1, 1, 0, t+1, 1], [t,t,0,t+1,t,1,],[0,1,t+1,0,t,0],[t,t,0,0,0,0,],[0,1,0,1,1,1,],[t,1,t,t,t,1]])
sage: A
[ t 1 1 0 t + 1 1]
[ t t 0 t + 1 t 1]
[ 0 1 t + 1 0 t 0]
[ t t 0 0 0 0]
[ 0 1 0 1 1 1]
[ t 1 t t t 1]
sage: s = """
....: [ t 1 1 0 t + 1 1]
....: [ t t 0 t + 1 t 1]
....: [ 0 1 t + 1 0 t 0]
....: [ t t 0 0 0 0]
....: [ 0 1 0 1 1 1]
....: [ t 1 t t t 1]"""
sage:
sage: str(A) == s.strip()
True
sage: A.minpoly()
x^6 + (t + 1)*x^5 + t*x^4
sage: A.minpoly()(A)
[0 0 0 0 0 0]
[0 0 0 0 0 0]
[0 0 0 0 0 0]
[0 0 0 0 0 0]
[0 0 0 0 0 0]
[0 0 0 0 0 0]
x の余分な要素に注意してください。バージョン番号やアーキテクチャに関する情報を投稿していないため、アーキテクチャに依存する線形代数のバグがまだ存在しているか、修正されているかはわかりません。Sage 5.0 は比較的近いうちにリリースされる予定です (現在ベータ 12 です)。アップグレードを強くお勧めします。
2 つのメタノート: 問題を再現するためにコピー アンド ペーストできるコードを投稿してください。また、sagenb.org (または test.sagenb.org) でスニペットをいつでもテストして、問題がメインライン以降にまだ存在するかどうかを確認できます。どちらも正しい答えを与えるようです。