私は他のjarファイルに多くの依存関係がある大きなjarファイルを持っています〜40ファイル合計数百MB。このjarファイルの依存関係の問題が心配なので、コンパイル時にこのjarのマニフェストファイルに必要な依存関係を追加したいと思います。このアプローチにはマイナスの欠点があるのではないかと思います。クラスの読み込み時間についていくつかのテストを行いましたが、それほど影響を受けていないようです。
依存関係をjarのマニフェストに移動したいもう一つの理由は、ファイルが非常に多いと、コマンドラインが長くなり、読みにくくなるためです。多くの-XXオプションなどもJVMに渡されますが、マニフェストまたはある種の構成ファイルでこれらを設定する方法はないようです。