私はしばらく書き換えルールを使用してきましたが、これは奇妙です。
サイトは dev.domain.com でホストされており、htaccess コードは
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^order/([^/]+) order.php?id=$1 [QSA]
...
ただし、http://dev.domain.com/order/4にアクセスすると、 $_GET が渡されず、この種の問題はこれまでありませんでした。