問題は、プラットフォームとフォントでの Unicode の処理に起因します。ウィキペディアで説明されているように: 上付き文字 1、2、および 3 は、以前は Latin-1 で処理されていたため、フォントで異なるサポートを取得しています。
固定サイズの問題には気付きませんでしたが、ほとんどのフォント (Linux および MacOS) では、1、2、3 が 4 ~ 9 と適切に配置されていません。
私のアドバイスは、ニーズに合ったフォントを選択することです (自由で高品質のフォントを提供する DejaVu ファミリーを参照してください)。
これは、フォントやサイズが異なる上付き文字の処理を説明するための小さなアプリケーションです。
from Tkinter import *
import tkFont
master = Tk()
canvas = Canvas(master, width=600, height=150)
canvas.grid(row=0, column=0, columnspan=2, sticky=W+N+E+S)
list = Listbox(master)
for f in sorted(tkFont.families()):
    list.insert(END, f)
list.grid(row=1, column=0)
font_size= IntVar()
ruler = Scale(master, orient=HORIZONTAL, from_=1, to=200, variable=font_size)
ruler.grid(row=1, column=1, sticky=W+E)
def font_changed(*args):
    sel = list.curselection()
    font_name = list.get(sel[0]) if len(sel) > 0 else "Times"
    canvas.itemconfig(text_item, font=(font_name,font_size.get()))
    #force redrawing of the whole Canvas
    # dirty rectangle of text items has bug with "superscript" character
    canvas.event_generate("<Configure>")
def draw():
    supernumber_exception={1:u'\u00b9', 2:u'\u00b2', 3:u'\u00b3'}
    mytext =""
    for i in range(10):
        mytext += u'U'+ (supernumber_exception[i] if i in supernumber_exception else unichr(8304+i))+" "
    return canvas.create_text(50, 50,text = mytext, anchor=NW)
text_item = draw()
list.bind("<<ListboxSelect>>", font_changed)
font_size.trace("w", font_changed)
font_size.set(30)
master.grid_columnconfigure(0, weight=0)
master.grid_columnconfigure(1, weight=1)
master.grid_rowconfigure(0, weight=1)
master.grid_rowconfigure(1, weight=0)
master.mainloop()