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PythonとPydicomライブラリでDICOMを使用していますが、.dcmファイルを使用しても問題はありませんでした。しかし、私は現在DICOMDIRデータセットを使用しています。

私のコードは次のとおりです。

ds = dicom.read_file("dicomdir")

pixel_array私は次のように要素にアクセスしようとしました：

data = ds.pixel_array

そして、次のエラーが発生します。TypeError: No pixel data found in this dataset.

の出力print dsは多かれ少なかれ次のとおりです。

（0004、1130）ファイルセットID CS：'GEMS_11_10_111'（0004、1200）最初のディレクトリレコードのオフセットUL：412（0004、1202）最後のディレクトリレコードのオフセットUL：412（0004、1212）ファイルセット整合性フラグUS：0（0004、1220）ディレクトリレコードシーケンス7項目----（0004、1400）次のディレクトリレコードのオフセットUL：0（0004、1410）レコード使用中フラグUS：65535（ 0004、1420）参照される下位レベルのDi ULのオフセット：558（0004、1430）ディレクトリレコードタイプCS：'PATIENT'（0008、0005）特定の文字セットCS：'ISO_IR 100'（0010、0010）患者の名前PN： '------------------'（0010、0020）患者ID LO： '246992'（0010、0030）患者の生年月日DA：'19630523'（0010、0040）患者の性別CS：'F'

（0004、1400）次のディレクトリレコードのオフセットUL：0（0004、1410）レコード使用中フラグUS：65535（0004、1420）参照される下位レベルDiのオフセットUL：800（0004、1430）ディレクトリレコードタイプCS：'STUDY'（0008、0005）特定の文字セットCS：'ISO_IR 100'（0008、0020）調査日DA： '20111011'（0008、0030）調査時間TM： '151535.000000'（0008、0050）アクセッション番号SH： '1009819901'（0008、1030）スタディの説明LO：'MG CONVENCIONAL'（0020、000d）スタディインスタンスUID UI：1.2.840.113564.9.1.2005121220021252.20110608105548.21009819901（0020、0010）スタディID SH： '1009819901'

（0004、1400）次のディレクトリレコードのオフセットUL：0（0004、1410）レコード使用中フラグUS：65535（0004、1420）参照される下位レベルDiのオフセットUL：968（0004、1430）ディレクトリレコードタイプCS：'SERIES'（0008、0005）特定の文字セットCS：'ISO_IR 100'（0008、0060）モダリティCS：'MG'（0008、103e）シリーズの説明LO：'画面保存'（0020、000e）シリーズインスタンスUID UI：1.2.840.113619.2.144.2347322947.2192645372.5（0020、0011）シリーズ番号IS： '354'

（0004、1400）次のディレクトリレコードのオフセットUL：1298（0004、1410）レコード使用中フラグUS：65535（0004、1420）参照される下位レベルのDi ULのオフセット：0（0004、1430）ディレクトリレコードタイプCS：'IMAGE'（0004、1500）参照ファイルID CS：['DICOM'、'PA1'、'ST1'、'SE1'、'IM1']（0004、1510）ファイルUIの参照SOPクラスUID：セカンダリキャプチャイメージストレージ（0004、1511）ファイルUIの参照SOPインスタンスUID：1.2.840.113619.2.144.44653394.14990.1318380911.86（0004、1512）F UIの参照転送構文UID：明示的VRリトルエンディアン（0008、0005）特定の文字セットCS：'ISO_IR 100'（0008、0008）画像タイプCS：'派生'（0008、0023）コンテンツ日付DA： '20111011'（0008、0033）コンテンツ時間TM： '151909.000000'（0020、0013）インスタンス番号IS： '8844'（0028、0010）行US：2298（0028、0011）列US： 1980（0028、1052）Rescale Intercept DS： '0'（0028、1053）Rescale Slope DS： '1'1053）スロープDSの再スケール：「1」1053）スロープDSの再スケール：「1」

最後の部分は4回繰り返されます。DICOMDIRデータセットに4つの画像があります。

各画像のNumpyArrayを使用してフィールドにアクセスする方法を知っていますか？

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私はSueverによってPydicomユーザーフォーラムで回答を受け取りました：

DICOMDIRファイルには、ピクセル情報は含まれていませんが、データセット内の各ファイルへのパスとともに基本的なヘッダー情報が含まれています。各画像からピクセルデータを取得するには、dicomdirデータセットをトラバースして、（現在のディレクトリに対して）個々のdicomファイルへのファイルパスを取得してから、個々のdicomのそれぞれからピクセルデータをロードする必要があります。ファイル。

これを行う簡単な方法は次のとおりです（より良い方法があるかもしれません）

    ds = dicom.read_file("dicomdir")
    pixel_data = list()
    for record in ds.DirectoryRecordSequence:
        if record.DirectoryRecordType == "IMAGE":
        # Extract the relative path to the DICOM file
            path = os.path.join(*record.ReferencedFileID)
            dcm = dicom.read_file(path)

            # Now get your image data
            pixel_data.append(dcm.pixel_array)

できます ;）

于 2012-06-13T16:46:27.003 に答える