moo-tools-1.2.5 を使用する SocialEngine 4 に基づくサイトがあります。ポップアップで開くいくつかのjsを含むiframeがあります（Smoothboxプラグインが組み込まれています）。そして、$$() を呼び出すだけでは、JS からこの iframe の DOM 要素を取得できません。次のような kludge を使用する必要がありました。
var context = (window.frames[0]) ? window.frames[0] : window;
context.$('user_email').set('value', context.$('1_1_30').get('value'));
これは奇妙で、標準の SocialEngine モジュールの JS は iframe 内でも機能しないため、予期しない動作だと思います。