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BioconductorのBiostringsパッケージのpairwiseAlignmentを使用して、単純なペアワイズDNA配列アラインメントを実行します。

library('Biostrings')
seq1 = 'ATGCTA'
seq2 = 'ATGTA'
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2)

出力は次のようになります。

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219

非常に長いシーケンスの場合、出力は切り捨てられ、1行のみが表示されます。

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8

完全な配置をテキストファイルに出力するにはどうすればよいですか？

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これは、バイオコンダクターのメーリング リストでの議論へのリンクです。これまでのところ、配置をフォーマットして印刷する簡単な方法はありませんが、実装する価値があるかもしれません。

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html

于 2012-04-20T13:46:37.787 に答える
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パッケージの R 関数printPairwiseAlignment()はBiostrings、あなたが探していると思う方法でこれを行うように設計されていると思います。

于 2014-06-23T11:18:51.920 に答える