タンパク質のペアのリストがあり、「BLAST Two Sequences」の速度と精度を、アライメント用の Smith-Waterman プログラムと比較したいと考えています。NCBI Web サイトに「Blast Two Sequences」オプションがあることは知っていますが、python スクリプトから実行したいと思います。おそらくBiopythonにはこの機能がありますか？Blast Two Sequences を使用できない場合は、Smith-Waterman のさまざまなバージョンを比較しますが、これはそれほどエキサイティングではありません :) または、タンパク質のペアを比較するバイオインフォマティクスの優れた 4 年生プロジェクトについて別のアイデアがある場合は、お願いします遠慮なくお知らせください！よろしくお願いします。
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Biopython チュートリアルとクックブックの第 7 章 (BLAST)には、探しているものが含まれているはずです。
このNCBBIモジュールは、オンライン BLAST ツールとの相互作用を可能にしBio.Blast.Applications、さまざまなローカル アラインメント ユーティリティを多数備えており、Bio.Seqモジュールにはさまざまな配列と相互作用するためのオブジェクトが含まれています。
Biopython のドキュメントは非常に優れており、APIは一般的によく書かれています。興味深いプロジェクトを探している場合は、チュートリアルとクックブックを読むことをお勧めします。これは、Biopython が提供する機能の概要です。
于 2012-04-15T23:14:00.007 に答える