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次のようなネストされた機能を含む Genbank 形式のファイル (最小限のダミーの例としてここに示されています) を偶然見つけました。

FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))

このような機能は、現在の Biopython Genbank パーサー (1.59 リリース) をクラッシュさせますが、以前のリリース (1.55 など) ではクラッシュしなかったようです。どうやら、この動作は 1.57 で既に行われていたようです (以下のコメントを参照)。

Biopython バグトラッカーによると、古い locationparser コードは 1.56 で削除されたようです。

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txtおよびhttp://www.insdc.org/documents/feature_table.html#3.4.2の形式の説明から推測できることから、これが最もおそらく無効です。（ただし、以下のコメントを参照してください）。

誰かがこれについてコメントできますか。つまり、これは Biopython または Genbank ファイルの形式の不具合ですか?

完全なデモ ファイル:

LOCUS       XXXXXXXXXXXXXX         240 bp    DNA     circular     17-JAN-2012
DEFINITION  xxxxxx.
KEYWORDS    xx.
SOURCE      
  ORGANISM  
FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))
                     /vntifkey="1"
                     /label=A label
                     /note="A note"
BASE COUNT       75 a        57 c        42 g        66 t 
ORIGIN
        1 tttacaaaac gcattttcaa accttgggta ctaccccctt ttaaatatcc gaatacacta 
       61 ataaacgctc tttcctttta ggtaaacccg ccaatatata ctgatacaca ctgatagttt 
      121 aaactagatg cagtggccga ccatcagatc tagtaggaaa cagctatgac catgattacg 
      181 cattacttat ttaagatcaa ccgtaccagt ataccctgcc agcatgatgg aaacctccct 
//

エラーを表示するための最小限のデモ プログラム (Biopython 1.59 と Python 2.7 がインストールされており、上記のファイルが "test.gb" として利用可能であると仮定します。

#!/usr/bin/env python
from Bio import SeqIO
s = SeqIO.read(open("test.gb")), "r"), "genbank")

これはでクラッシュします

    raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)
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それは無効な場所だと思います。これは NCBI ファイルからのものですか、それとも別の場所からのものですか?

Biopython 1.60 (次のリリース) では、解析を停止するエラーではなく、不適切な場所を警告として扱う予定です。

于 2012-04-18T21:32:23.917 に答える