問題はセレクタにあります。これがあなたが探しているものだと思います:
$(rowToBeAdded).find("select:first").prepend("<option selected='selected' value=''></option>");
完全な例 ( Demo ) は次のとおりです。
<script type="text/javascript">
$(function() {
var rowToBeAdded = $("#table1 tr");
if (rowToBeAdded) {
$(rowToBeAdded).find("select:first").prepend("<option selected='selected' value=''></option>");
}
});
</script>
<table id="table1">
<tr>
<td>
<select id="select1">
<option value="volvo">Volvo</option>
<option value="saab">Saab</option>
<option value="mercedes">Mercedes</option>
<option value="audi">Audi</option>
</select>
<select id="select2">
<option value="volvo">Volvo</option>
<option value="saab">Saab</option>
<option value="mercedes">Mercedes</option>
<option value="audi">Audi</option>
</select>
</td>
</tr>
</table>
出力は次のとおりです。

最後に、必要に応じて非常に優れたリファレンス ガイドを示します。