相対リンクを使用して参照する限り、実際のライブラリ プロジェクトをどこに保存するかは問題ではありません。ライブラリ プロジェクト - 開発に関する考慮事項を確認してください。
ライブラリ プロジェクト参照を選択して設定するには、常に Eclipse ADT プラグインを使用する必要があります。つまり、プロジェクトを右クリック -> [プロパティ] -> [Android] -> [追加] を選択し、開いた [プロジェクトの選択] ウィンドウで、ここで [ライブラリ プロジェクト] リストを選択します (なぜなら、メイン プロジェクトと同じ Eclipse ワークスペースにインポートする必要があります)。これにより、相対パスを使用して android.library.reference が project.properties に追加され、Android 設定ウィンドウに相対パスが表示されます。
android.library.reference.2=../../../../../Documents and Settings/yorkw/Desktop/JakeWharton-Android-ViewPagerIndicator-f09acb0/library
以下のように、project.properties からの絶対パスを使用して直接変更する場合:
android.library.reference.1=C:\\Documents and Settings\\yorkw\\Desktop\\JakeWharton-Android-ViewPagerIndicator-f09acb0\\library
次に、Eclipse がプロジェクトを更新した後、質問に記載されている正確なエラーが表示されます。以下のスクリーンショットを参照してください。

お役に立てれば。