サーバーはローカルにあるはずなので、ディレクトリを設定する必要があります。リモートサーバーにマウント (または Windows でのマッピング) を行うことはできますが、Glassfish を実行する JVM のプロセスはローカルで再び実行されます。
デバッグしたいだけの場合:
Glassfish の管理コンソールでデバッグを有効にし、ドメインを再起動します。
Eclipse で Glassfish デバッグ ポートにアタッチする | デバッグ構成... | リモート Java アプリケーション。