私は自分のサイトでこのhtaccessファイルを使用してindex.phpを削除しています。
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L,QSA]
しかし、このファイルは機能しません。Apacheモジュールで書き換えが有効になっています。使用されているcodeigniterのバージョンは2.0.1です。