r - R でガウス グラフィカル モデルを描画する方法

Question

相関係数行列 R と偏相関係数行列 Rp を取得しましたが、R でガウス グラフィカル モデルを描画するにはどうすればよいでしょうか?

Gaussianグラフィカルモデルの入門書などを勧めてくれると良いのですが、さすがにそれが何かは分かりませんが、まずは描き出すことです。どうもありがとう！

#the Correlation coefficient matrix
R=c(1,0.55,0.55,0.41,0.39,0.55,1,0.61,0.49,0.44,0.55,0.61,1,0.71,
0.66,0.41,0.49,0.71,1,0.61,0.39,0.44,0.66,0.61,1)
dim(R)=c(5,5)

#the Partial correlation coefficient matrix
library("corpcor") 
Rp=cor2pcor(R)

では、ガウス グラフィカル モデルをどのように描画すればよいでしょうか。

Answer 1

igraph対応するグラフをプロットする場合は、パッケージを使用できます。

library(igraph)
g <- graph.adjacency( abs(Rp)>.1, mode="undirected", diag=FALSE )
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold)

Answer 2

私は「ガウスグラフィカルモデル」という用語に慣れていませんが、そうすべきだと思います（読んでみます、ありがとう）。

qgraphただし、(部分的な) 相関行列を視覚化するには、そのように設計されたパッケージを使用できます。例えば：

library("qgraph")
qgraph(round(Rp,5),edge.labels=TRUE)

偏相関の計算は、次のgraph引数で組み込まれています。

qgraph(round(R,5),edge.labels=TRUE,graph="concentration")

同じ結果が得られます。