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行の特定の列をペアにして定義された値の範囲内にある値列2の行を選択するawkコマンドを設計しようとしています。これは、エクソン境界から50ヌクレオチド以内にない一塩基多型の呼び出しに適用されます。ファイルは次のようになります。

ID  X   start   end start   end start   end start   end  
Fal1825_c6  802 2   62  62  239 239 362 362 934  
Fal1821_c2  152 1   19  22  159 159 263 264 398  
Fal18279_c7 41  1   177 177 598                 
Fal18376_c3 367 1   251 251 421                 
Fal18748_c2 601 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal18748_c2 500 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal18792_c3 750 1   234 234 459 459 762 762 83  
Fal19487_c2 89  1   177 177 270 270 409 411 459

2番目の列の値が（ "start" + 50）と（ "end"-50）の範囲にある行のみを印刷したいのですが、その行の"start"と"end"のペアリング（ 「開始」列と「終了」列が隣り合っている）、つまり（$ 3 +50と$4-50）または（$ 5 +50と$6-50）または（$ 7 +50と$8-50）の間など。コンポーネントの開始と終了の列のすべてのペアを考慮します。

出力は次のようになります。 

ID  X   start   end start   end start   end start   end  
Fal1825_c6  802 2   62  62  239 239 362 362 934  
Fal18376_c3 367 1   251 251 421             
Fal18748_c2 601 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal19487_c2 89  1   177 177 270 270 409 411 459

私が試みたコマンドは次のようになりました

awk '{a=3; b=4; while ($a > 0) do {if ($2 > ($a + 50) && $2 < ($b + 50)){print $0} else {a+2, b+2} }'

ありがとうございました

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試す：

awk '{
for (i = 3; i <= NF; i += 2)
  if ($2 > $i+50 && $2 < $(i+1)-50) { print; next } 
}' FILE
于 2012-04-20T13:57:43.973 に答える