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私はarパッケージを自分で作るのに苦労しています。layman のパッケージを開発する方法については、stackoverflow の前の質問の指示に従いました。以下は、前の質問に続くツールの手順です。

  1. 新しい R セッションで R コードを実行する

    # random DNA function
randDNA = function(n){
paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "")
}
# DNA to RNA function
dna2rna <- function(inputStr) {
  if (!is.character(inputStr))
    stop("need character input")
  is = toupper(inputStr)
  chartr("T", "U", is)
}

# complementary sequence function
compSeq <-  function(inputStr){
 chartr("ACTG", "TGAC", inputStr)
 }

# example data
dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT")
dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT")
myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2)
save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")

  2. Rtools のインストールR パッケージutilsのインストール

  3. Rで次のタスクを実行します

    require(utils)
package.skeleton(list = c("randDNA","dna2rna", "compSeq", "myseqdata"), 
name = "dnatool",environment = .GlobalEnv, path = "c:", force = FALSE)

  4. Windows 7でシステム環境変数のパスを次のように編集します

    C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; 
C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64;

    (>pathコマンドラインに入力して、パスが正しく設定されているかどうかを確認します。

  5. 手順 (3) でフォルダー dnatool をコピーし、rpackage という名前の新しいフォルダーに配置します。次に、ディレクトリをこのフォルダーに変更します (DOS の場合)。

    c: \ repackage>  R CMD build dnatool 
c: \ repackage>  Rcmd build dnatool

    編集：dnatool.zipを取得することもありますが、dnatool.tar.gxを取得することもあります

  6. コマンドライン (DOS) でのパッケージのチェック

    c: \ repackage> R CMD check dnatool

Windowsでは「dnatool.zip」として圧縮できました。

MAC または UNIX ソースをコンパイルするにはどうすればよいですか? どのような手順が異なりますか?

Unix source:     dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz

Mac コンピューターが必要ですか。Linux virtualbox があり、そこに ubuntu がインストールされていますか?

編集：

次のコマンドを使用して、ステップ (3) フォルダー dnatool からソースコード バイナリを取得する必要がありますか?

$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool
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を使用して作成されたパッケージはR CMD build、他の OS タイプにインストールできます。パッケージに R 以外のソース コード (c または c++) が含まれている場合でも、これは当てはまります。バイナリディストリビューションを作成した場合にのみ（ --binary を r cmd build 呼び出しに追加すると思います）、パッケージはプラットフォーム固有になります。パッケージのビルドに必要なツールは、多くの場合、Linux または Mac に既にインストールされています。したがって、ソース ディストリビューションを作成すると、すべての主要なディストリビューションで動作するはずです。Mac バイナリを作成するには、Mac が必要であるか、クロスコンパイラ環境を作成する必要があります。2 番目のオプションは非常に難しい場合があります。Google に依頼することもできます。パッケージを CRAN にアップロードすると、パッケージのすべてのビルドが自動的に行われることに注意してください。

于 2012-04-21T13:01:26.697 に答える