ここ数日、新しい Xcode プロジェクトは奇妙で、ほとんどのファイルのリストのファイル名の右側にアイコン「A」が付いています。そのファイルを選択し、右クリックして [ ] を選択Source Control -> Commit Selected Filesし、メッセージを入力して [コミット] をクリックしても、ファイルの横にアイコン [A] が表示されたままです。(「 」はグレー表示されているため選択できませんSource Control -> Add)。このコミットの後、ファイルが変更されていなくても、再度コミットを続けることができます。
次に、Bashを開始して使用しました
$ cd ~/code/iOS/SomeProject
$ git add .
$ git commit -a -m "all ok"
$ git status
# On branch master
nothing to commit (working directory clean)
その後、Xcode 上のすべてのファイルには引き続き「A」アイコンが表示され、プロジェクトを閉じて再度開いた後でも同じです。
Gitのコマンドライン版は
$ git --version
git version 1.7.7.5 (Apple Git-26)
最近 RVM (Ruby Version Manager) をインストールしましたが、違いはないと思います。