VSのデプロイメントプロジェクトはファイルを上書きしません。RemovePreviousVersionsがtrueに設定されているため、プログラムファイルのバージョンとセットアッププロジェクトのProductCode GUIDを変更すると、最初に前のバージョンがアンインストールされ、次に新しいバージョンのクリーンインストールが実行されます。
一部のファイルが上書きされないようにするために、通常、コンテンツまたはプライマリ出力ファイル(ファイルが配置されている場所)からそれらを除外してから、セットアッププロジェクトに個別に追加します。これにより、これらのファイルのプロパティを個別に設定できます。探しているプロパティは「パーマネント」と呼ばれ、trueに設定すると、問題のファイルがアンインストールされないため、新しいバージョンで上書きされることはありません。これの唯一の欠点は、製品をアンインストールするときにパーマネントファイルがファイルされることです。ターゲットの場所から削除されることはありませんが、私の場合(通常はローカルDBファイル)、それは良いことです;)
乾杯!
[編集]上記はVS2008SP1に当てはまります。他のバージョンでは試したことがないので、同じVSバージョンを使用しているか、使用しているバージョンで機能することを願っています。
[edit2]ああ、「Condition」プロパティを使用して同様のことを実現することもできます。その場合は、「推移的」がTrueに設定されていることを確認して、条件が常に評価されるようにします。条件でそれを試したことがありませんが、それはあなたが見ることができるもう一つのオプションです。これらの2つを除けば、VS展開プロジェクトについてはほぼこれで終わりだと思います。