画面を基準にしたNSViewのフレーム/境界を取得する必要があります。言い換えると、x座標とy座標は、スーパービューに対する相対的な位置ではなく、画面上の位置である必要があります。
コメントに基づいて、次の解決策を考え出しました。
NSRect frameRelativeToWindow = [self.view
convertRect:self.view.bounds toView:nil
];
#if MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED > MAC_OS_X_VERSION_10_6
NSPoint pointRelativeToScreen = [self.view.window
convertRectToScreen:frameRelativeToWindow
].origin;
#else
NSPoint pointRelativeToScreen = [self.view.window
convertBaseToScreen:frameRelativeToWindow.origin
];
#endif
NSRect frame = self.view.frame;
frame.origin.x = pointRelativeToScreen.x;
frame.origin.y = pointRelativeToScreen.y;