編集: git-v2.5.0 (2015 年 8 月)以降、git-for-windows (以前の MSysGit)は、 Pan.studentによって通知される64 ビット バージョン
を
提供します。
この回答では、Cygwin 64 ビットをインストールするようアドバイスしていました (64 ビットの Git バージョンを提供します)。
4GB バリアに到達したときに、MSysGitを使用して同様のOut of memory, malloc failed
問題が発生しました。
> git --version
git version 1.8.3.msysgit.0
> file path/Git/cmd/git
path/Git/cmd/git: PE32 executable for MS Windows (console) Intel 80386 32-bit
> time git clone --bare -v ssh://linuxhost/path/repo.git
Cloning into bare repository 'repo.git'...
remote: Counting objects: 1664490, done.
remote: Compressing objects: 100% (384843/384843), done.
remote: Total 1664490 (delta 1029586), reused 1664490 (delta 1029586)
Receiving objects: 100% (1664490/1664490), 550.96 MiB | 1.55 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (1029586/1029586), done.
fatal: Out of memory, malloc failed (tried to allocate 4691583 bytes)
fatal: remote did not send all necessary objects
real 13m8.901s
user 0m0.000s
sys 0m0.015s

最後に、Cygwinから 64 ビットを git して修正します。
> git --version
git version 1.7.9
> file /usr/bin/git
/usr/bin/git: PE32+ executable (console) x86-64 (stripped to external PDB), for MS Windows
> time git clone --bare -v ssh://linuxhost/path/repo.git
Cloning into bare repository 'repo.git'...
remote: Counting objects: 1664490, done.
remote: Compressing objects: 100% (384843/384843), done.
remote: Total 1664490 (delta 1029586), reused 1664490 (delta 1029586)
Receiving objects: 100% (1664490/1664490), 550.96 MiB | 9.19 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (1029586/1029586), done.
real 13m9.451s
user 3m2.488s
sys 3m53.234s

linuxhost
64ビットの参考までに:
repo.git> git config -l
user.email=name@company.com
core.repositoryformatversion=0
core.filemode=true
core.bare=true
repo.git> git --version
git version 1.8.3.4
repo.git> uname -a
Linux linuxhost 2.6.32-279.19.1.el6.x86_64 #1 SMP Sat Nov 24 14:35:28 EST 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
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