k-meansに基づくクラスタリングアルゴリズムの結果をとして表示しようとしていますpheatmap。このために、私はここで提案された手順を使用します：Rはヒートマップでクラスタリングするkmeansを描画します
ここで問題となるのは、クラスターを強調する配色を追加したいということです。これは、との「RowSideColors」オプションに似ていheatmapますheatmap.2。についてpheatmapは、オプションしか見つかりませんでしたannotationが、これは行方向ではなく列方向で機能します。の行クラスターを強調表示する方法はありpheatmapますか？
私が持っていたもう1つのアイデアは、ヒートマップ内にクラスター列を別の色として追加することです。ただし、ヒートマップの残りの部分とは別の配色を使用する必要があるため、それが可能かどうかはわかりません。
これで、 pheatmapパッケージにannotation_rowパラメーターがあります。
library(pheatmap)
# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)
pheatmapにはこのようなパラメータがないため、heatmapまたはheatmap.2を直接使用できます。実際、私にも同じような仕事があります。