Java プログラムが実行されてコンソールに出力されるだけであれば、次のように簡単に実行できます。
$output = system( "java com.yourcompany.package.RunnableClass" );
print $output;
もちろん、PHP を実行しているユーザーが Java バイナリにアクセスできること、および JAR ファイルにアクセスする権限があることを前提としています。
実行中のプログラムにアクセスするのは少し難しくなります。ほとんどのプログラムには、デフォルトではこれが組み込まれていません (また、そうすべきでもありません。多くの場合、ランダムな外部プロセスへのアクセスを許可することは望ましくありません)。しかし、そうであれば、あなたは元気です。そうでなく、Java コードを変更できる場合は、問題ありません。そうでない場合は、運が悪い可能性があります。
その場合は、Java コードがどのリソースにアクセスしているか、およびそれらにどのようにアクセスしているかを確認することも良い方法です。次に、PHP で似たようなものを書くことができます。車輪を再発明することになるため、明らかにこれは理想的ではありませんが、データなどにアクセスする必要があり、上記のアプローチのいずれも使用できない場合は、うまくいきます。