r - バーナードの検定で plyr を使用する

Question

私は社会科学の研究を行っていて、バーナードの検定を含むさまざまな正確な検定について説明している記事に出くわしました。複数の著者がフィッシャーの正確確率検定とバーナードの検定 (2009 年に Lydersen、2003 年に Mehta と Senchaudhuri) の違いについて議論していますが、私は自分自身で違いを確認できるかどうか (そしてその過程で R についてもう少し学ぶことができるかどうか) に興味がありました。 ）。フィッシャーのテストを機能させる方法を見つけましたが、バーナードのテストではうまくいきませんでした:

 library(plyr)
 library(Barnard)

 rook <- expand.grid(a=0:5,b=0:5,c=0:5,d=0:5)

 sums <- ddply(rook, .(a,b,c,d), sum)

 system.time(
 Fisher.l <- ddply(rook, .(a,b,c,d),function(z)
      fisher.test(matrix(unlist(z[,c(1,2,3,4)]),
      ncol=2),alternative="less")$p.value)
 )

どちらも機能しません...同じことをしようとする2つの方法でした...

 system.time(
      Barnard <- ddply(rook, .(a,b,c,d), function(z)
      barnardw.test(unlist(z[,c(1,2,3,4)]), ncol=2))$p.value[[1]])
 )

 system.time(
      Barnard <- ddply(rook, .(a,b,c,d), function(z)
      barnardw.test(z[,1],z[,2],z[,3],z[,4]))$p.value[[1]])
 )