ループがあり、このループでli要素を追加し、その後a要素を内部liに追加する必要がありますが、このコードを書くと、a要素がすべての要素に追加されliます。
var toolbarArray = new Array("Home", "About", "Contact");
var ceItem = $('#toolbar').append('<ul></ul>').find('ul');
var ceLiItem;
for (i=0; i<toolbarArray.length; i++) {
ceLiItem = ceItem.append('<li></li>').find('li');
ceLiItem.append('<a>'+toolbarArray[i]+'</a>');
}