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ここで、Pythonが上記のコードのコドン位置番号5を見つけて、そのシーケンスを位置12（ATGG * CTTTACCTCGTC * TCACAGGAG）まで抽出できる方法を見つける必要があります。したがって、出力は次のようになります。

>CCODE1112_5..11
 CTTTACCTCGTC

最初の「_」の後に開始値を取得し、「..」の後に終了値を取得するようにpythonに指示して、自動的に実行できるようにするにはどうすればよいですか？？ありがとう！！！

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def extractseq( queryseq , begin=5, end =12):
   queryseq=queryseq.split('\n')#transform the string in a list of lines included in the string

   return queryseq[1][begin-1:end-1]

Pythonでは0から始まるインデックスに注意してください。この関数は機能するはずです。

スクリプトにそれを書き込んだ後、関数subs = extractseq（seq、5,12）を呼び出す必要があります

申し訳ありませんが、サブストリングに含まれる5と12を抽出する場合、それを簡単に行う1つの方法は次のとおりです。

substring=queryseq.split('\n')[0].split('_')[1].split('...')#extraction of the substring
begin=substring[0]
end = substring[1]
于 2012-04-26T17:52:57.517 に答える
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私はおそらく（ため息をつく）正規表現を使用してCCODE1112_5..12_ABCから5と12を抽出します。

次に、抽出された文字列をintに変換します。

次に、DNAデータの文字列スライスのインデックスとしてintを使用します。

正規表現の場合：

regex = re.compile（r'^ [^ ] *（\ d +）..（\ d +）_。* $'）regex.match（'CCODE1112_5..12_ABC'）match = regex.match（'CCODE1112_5。。 12_ABC'）match.group（1）' 5'match.group（2）' 12 '

それらをintに変換するには、たとえばint（match.group（1））を使用します。

次に、インデックスは1ベースですが、Pythonは0ベースです。また、スライスのpythonの開始点は必要な値にあり、スライスのpythonの終了点は必要な値の1つ過ぎています。したがって、group（1）から1を引き、group（2）はそのままにしておきます。

つまり、次のようになります。substring = dna_data [left_point-1：right_point]

于 2012-04-26T18:02:17.813 に答える