たとえば、行の最初のn文字をトリミングして、次のようにします。
123
1234
になります
3
34
?
<target name="test">
        <property name="trim_count" value="2"/>
        <copy file="c:/test.txt" tofile="c:/test2.txt" overwrite="true">
                <filterchain>
                        <tokenfilter>
                        <linetokenizer/>
                        <replaceregex pattern="^.{1,${trim_count}}(.*)" replace="\1"/>
                        </tokenfilter>
                        <ignoreblank/>
                </filterchain>
        </copy>
</target>
    それを実現するには、Javaクラスを作成する必要があると思います。