たとえば、行の最初のn文字をトリミングして、次のようにします。
123
1234
になります
3
34
?
<target name="test">
<property name="trim_count" value="2"/>
<copy file="c:/test.txt" tofile="c:/test2.txt" overwrite="true">
<filterchain>
<tokenfilter>
<linetokenizer/>
<replaceregex pattern="^.{1,${trim_count}}(.*)" replace="\1"/>
</tokenfilter>
<ignoreblank/>
</filterchain>
</copy>
</target>
それを実現するには、Javaクラスを作成する必要があると思います。