python - 文字列内の特定の位置に移動します

Question

与えられたものとは反対の（負の側から）弦の特定のポイントに到達したいと思います。

AAAAAAAAAACCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGG TTTTTTTTTTGGGGGGGGGGAAAAAAAAAACCCCCCCCCC

したがって、座標を変換する必要があります。下のストランドでは、ベース0（右端のC）が上のストランドのベース39と反対になっています。基数1は基数38に対してです。基数2はケース37に対してです。（重要なポイント：これら2つの数値を合計すると、毎回何が起こるかに注意してください。）したがって、基数10は基数29に対して、基数19は基数20に対してです。

つまり、下部のストランドでベース10〜20を見つけたい場合は、上部のベース20〜29を確認できます（その後、逆に補完します）。

私は次のように書いています：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))
   chrom_len = len(chr_string)
   s = ''.join(bc[base.upper()] for base in chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)+'\n'

それでも、これを行うたびに、次のようになります。

エラー：グローバル名'starts'が定義されていません

これを修正するにはどうすればよいですか？

Answer 1

最後の用語の前後に括弧を追加してみてください。

s = ''.join(bc[base.upper()] for base in (chr_string[-starts-1:-ends-1]\
                                         ^
            for starts, ends in zipped)) +'\n'
                                      ^

ここで2つの異なるジェネレーターを定義します。これは次と同等です。

strands = (chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)
complementary_strands = (bc[base.upper()] for base in stage_1)
joined_exons = ''.join(stage_2) + '\n'

Answer 2

ジェネレータ式でやりすぎているようです。

2つforは間違った方法です。もしかして：

s = ''.join(bc[base.upper()] for starts,ends in zipped for base in chr_string[-starts-1:-ends-1])+'\n'

次にstarts、とendsは2番目に定義されforます。

あなたが今日尋ねた質問を考えると、これらの問題を自分で解決できるように、 Dive IntoPython3などの良い本を読むことをお勧めします。

Answer 3

exonstartsを定義してから、定義されていないstartsを参照しています。