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これが私のデータとプロットです

nmar <- seq (1, 100, 5)
position= rep(nmar, 5)
n = length (nmar )
chr = rep(1:5, each = n )

mapdata <- data.frame (chr, position, 
 snpname = paste("SNP-", 1:length (position), sep = ""))
mapdata


chr.lab = 1 ; mbar.col = "blue"
layout(matrix(c(1,1,2),nc=1)) # works for two but I need to extend it to 
       n (which is level of chr = 5)

# plot level 1
mapdata1 <- mapdata[mapdata$chr == 1,]
m <- par()$mar
m[1] <- m[3] <- 0
par(mar=m)
# Set the limits of the  plot
plot(mapdata1$position,mapdata1$position-mapdata1$position, type="n",
   axes=FALSE, 
xlab="", ylab="Chromsome", yaxt="n" )

polygon(
  c(0,max(mapdata1$position + 0.08 * max(mapdata1$position)),max(mapdata1$position)+
     0.08 * max(mapdata1$position),0),
  .2*c(-0.3,-0.3,0.3,0.3),
  col= mbar.col
)
segments(mapdata1$position, -.3, mapdata1$position, .3 )
text(mapdata1$position, -.7, mapdata1$snpname, srt = 90, cex.lab = chr.lab)
text(mapdata1$position,  .7, mapdata1$position,cex.lab = chr.lab )
text(0, labels = c("Chr 2"))

セカンドレベル

# plot level 2
mapdata2 <- mapdata[mapdata$chr == 2,]
m <- par()$mar
m[1] <- m[3] <- 0
par(mar=m)
# Set the limits of the  plot
plot(mapdata2$position,mapdata2$position-mapdata1$position, type="n", axes=FALSE, 
xlab="", ylab="Chromsome", yaxt="n" )

polygon(
  c(0,max(mapdata2$position + 0.08 * max(mapdata2$position)),max(mapdata2$position)+  
 0.08 * max(mapdata2$position),0),
  .2*c(-0.3,-0.3,0.3,0.3),
  col= mbar.col
)
segments(mapdata2$position, -.3, mapdata2$position, .3 )
text(mapdata2$position, -.7, mapdata2$snpname, srt = 90, cex.lab = chr.lab)
text(mapdata2$position,  .7, mapdata2$position,cex.lab = chr.lab )
text(0, labels = c("Chr 2"))

出力 ここに画像の説明を入力してください

（1）nレベルのプロセスを自動化するにはどうすればよいですか？同様のプロットをnレベルのchrに拡張します（2）同じ仕様のバーサイズが変更されている場合は、プロット領域が異なることが原因である可能性があります。すべてのプロットを同一にするように調整するにはどうすればよいですか？

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ggplot間違いなくここに行く方法です。しかし、本当にベースに固執したい場合はplot、この関数が機能します：

plot.as.stack= function(mapdata1, mbar.col = "blue"){
    # mapdata1 <- mapdata[mapdata$chr == chr,]
    m <- par()$mar
    m[1] <- m[3] <- 0
    par(mar=m)
    # Set the limits of the  plot
    plot(mapdata1$position,mapdata1$position-mapdata1$position, type="n",
       axes=FALSE, 
    xlab="", ylab="Chromsome", yaxt="n" )

    polygon(
      c(0,max(mapdata1$position + 0.08 * max(mapdata1$position)),max(mapdata1$position)+
         0.08 * max(mapdata1$position),0),
      .2*c(-0.3,-0.3,0.3,0.3),
      col= mbar.col
    )
    segments(mapdata1$position, -.3, mapdata1$position, .3 )
    text(mapdata1$position, -.7, mapdata1$snpname, srt = 90, cex.lab = chr.lab)
    text(mapdata1$position,  .7, mapdata1$position,cex.lab = chr.lab )
    text(0, labels = paste("Chr",unique(mapdata1$chr)))
}

# Example Run.
par(mfrow=c(length(unique(mapdata$chr)),1))
x=by(mapdata,factor(mapdata$chr),plot.as.stack) # Assigned to x to prevent output
par(mfrow=c(1,1))

ご覧のとおり、コードを関数に入れて実行byしました。これにより、のすべてのレベルで関数が実行されることに注意してくださいchr。関数が代わりにchrの値を取るように変更できます。

plot.as.stack = function(chr){
    mapdata1 <- mapdata[mapdata$chr == chr,]
    ...
}

次に、chrの値を使用して関数を実行します。

par(mfrow=c(5,1))
sapply(1:5,plot.as.stack)
par(mfrow=c(1,1))
于 2012-05-01T13:22:01.293 に答える