imagej - ImageJ - バッチでスタックするイメージ

Question

それぞれスタックの 25 セクションを含む .tiff ファイルがあります。「Image to Stack」コマンドをバッチで使用する方法はありますか? 各データ セットには、3 つのカラー チャネルすべての 60 の tiff が含まれています。

ありがとうクリスティン

Answer 1

これらの操作を行う方法を見つける一般的な方法は、マクロ レコーダを使用することです。マクロ レコーダは、 の下にありますPlugins > Macros > Record ...。次にFile > Import > Image Sequence...、通常どおりシーケンスの最初のファイルに移動して選択すると、レコーダーに次のようなものが表示されます。

run("Image Sequence...", "open=[/home/mark/a/1.tif] number=60 starting=1 increment=1 scale=100 file=[] or=[] sort");

これを任意の数のスライス (私の例ではたまたま 60 でした) に対して機能させるには、number=60ビットを省略します。したがって、たとえば、このファイルのディレクトリをコマンドラインから単一のファイルに変換するには、次のようにします。

imagej -eval 'run("Image Sequence...", "open=[/home/mark/a/1.tif] starting=1 increment=1 scale=100 file=[] or=[] sort"); saveAs("Tiff", "/home/mark/stack.tif");' -batch