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私はこのようなマトリックスを持っています：

SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT

そして、私はそれをこのように見せたいです：

SNP     
>marker1    TT  G1
>marker2    AA  G1
>marker3    TT  G1
>marker1    CC  G2
>marker2    AA  G2
>marker3    TT  G2
>marker1    TT  G3
>marker2    AA  G3
>marker3    TT  G3

私はこれを使用しています：

        bsp2<- read.table("C:/R/bsp2.csv", header=TRUE) 

       reshape(as.data.frame(bsp2), direction="long", varying = list(colnames(bsp2)
       [2:6]), v.names="G", idvar="SNP")

しかし、「未定義の列が選択されました」というエラーメッセージが表示されます。誰かが私が間違っていることを教えてもらえますか？

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これは、 reshape2meltから使用する方がはるかに簡単です。

dat <- read.table(text = "SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT",header = T,sep = "")

require(reshape2)
melt(dat,id.var = "SNP")

      SNP variable value
1 marker1       G1    TT
2 marker2       G1    AA
3 marker3       G1    TT
4 marker1       G2    CC
5 marker2       G2    AA
6 marker3       G2    TT
7 marker1       G3    TT
8 marker2       G3    AA
9 marker3       G3    TT
于 2012-05-02T16:40:12.817 に答える
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ジョランは正しいですが、ここではベースの形を変えていますが、溶けやすいでしょう。

bsp2 <- read.table(text="SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT ", header=TRUE)

bsp2.long <- reshape(bsp2, direction="long", varying = 2:4, v.names="G", 
    timevar="TIME", times=paste0("G", 1:3), idvar="SNP")

rownames(bsp2.long) <- seq_len(nrow(bsp2.long))
bsp2.long

どちらが得られますか：

      SNP TIME  G
1 marker1   G1 TT
2 marker2   G1 AA
3 marker3   G1 TT
4 marker1   G2 CC
5 marker2   G2 AA
6 marker3   G2 TT
7 marker1   G3 TT
8 marker2   G3 AA
9 marker3   G3 TT

私が使用したようにこれを機能させるには、R2,15が必要であることに注意してくださいpaste0。R2.15がなく、インストールしたくない場合は、その引数を。に置き換えてくださいtimes=c("G1", "G2", "G3")。またTIME、Rが呼んでtimeいたので、私が呼んだものは必要ありませんでしたが、。でその名前を制御できることを示すためにそうしましたreshape。

于 2012-05-02T17:24:24.257 に答える