JLayerを使用できる場合があります。これは古いライブラリですが、安定していると報告されています。API を参照すると、タスクを達成する方法があるようです。
この投稿には、調査できるオプションがいくつかあるようです。
ファイルを Java プログラムにロードする前にファイルを .wav 形式に変換できる場合は、この過去の質問が役立つ可能性があります。
Javaを使用する必要がある理由はありますか? FFmpeg のようなツールは驚くべきことを行うことができますが、学習曲線は少し急勾配になる可能性があります。