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私は約 1 年間 biopython に手を出しており、最近 Biopython リリース 1.59 にアップグレードしました。いくつかのチュートリアルでスキルを更新していますが、for ループと biopython ライブラリのモジュールを実行すると、常に以下のエラーが発生します。

    IndentationError: expected an indented block

コマンド ライン ターミナルから Komodo Edit バージョン 7.0.2 で記述された .py ファイルを呼び出した場合にのみ、このエラーが発生します。

    Priyas-iMac:~ Priya$ python /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py
    Traceback (most recent call last):
      File "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py", line 4, in <module>
        SeqIO.write(rc, "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid_rc.fasta", "fasta")
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 400, in write
        from Bio import AlignIO
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/__init__.py", line 147, in <module>
        import NexusIO
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/NexusIO.py", line 19, in <module>
        from Bio.Nexus import Nexus
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module>
        import os,sys, math, random, copy
      File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27
        randLowHigh(5,10)
        ^
    IndentationError: expected an indented block

コマンド ラインを使用して、上記のように 1 年前に作成した古い .py ファイルを呼び出すと、正常に動作します。Python を直接起動し、チュートリアルの例を 1 行ずつ入力すると、正常に動作します。

    Priyas-iMac:~ Priya$ python 
    Python 2.7.3 (default, Apr 19 2012, 00:55:09) 
    [GCC 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00)] on darwin
    Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
    >>> from Bio import SeqIO
    >>> for seq_record in SeqIO.parse("/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid.txt","fasta"):
    ...      print seq_record.id
    ... 
    gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533
    gi|2765657|emb|Z78532.1|CCZ78532

端末から実行できるように .py ファイルを修正するにはどうすればよいですか?

この問題についての洞察をいただければ幸いです。

プリヤ

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2 に答える 2

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もともとPythonを学んでいたとき、乱数ジェネレーターの作成を練習するためにチュートリアルファイルに「random.py」という愚かな名前を付けたことが判明しました。biopython が他の必要なモジュールをインポートしていたとき、ランダム ライブラリ モジュールの代わりにそのファイルを指し続けました。

  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module>
    import os,sys, math, random, copy
  File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27
    randLowHigh(5,10)

助けてくれてありがとう、みんな！

于 2012-05-04T17:09:17.653 に答える
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インポートされたすべてのファイルとモジュールに同じインデント（タブまたはスペースと同じ数のスペース）があるかどうかを確認します。

Pythonコードのスタイルガイドから、次のように読むことができます。

インデントレベルごとに4つのスペースを使用します。

混乱させたくない本当に古いコードの場合は、引き続き8スペースタブを使用できます。

そしてタブとスペースに関して：

タブとスペースを混在させないでください。

Pythonをインデントする最も一般的な方法は、スペースのみを使用することです。2番目に人気のある方法は、タブのみを使用する方法です。タブとスペースを組み合わせてインデントされたコードは、スペースのみを使用するように変換する必要があります。-tオプションを指定してPythonコマンドラインインタープリターを呼び出すと、タブとスペースが不正に混在するコードに関する警告が発行されます。-ttを使用すると、これらの警告はエラーになります。これらのオプションを強くお勧めします！

新しいプロジェクトの場合、タブよりもスペースのみを強くお勧めします。ほとんどのエディターには、これを簡単に実行できる機能があります。

たぶん、コモドは何かを自動的に変更しています（一部の編集者はそうします）。よりわかりやすいエディターでファイルを編集して、タブを探してみてください。スペースとタブを表示するオプションがある場合があります。

それが役に立てば幸い！

于 2012-05-04T14:54:53.337 に答える