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コードに問題があり、理解できません。誰か助けてもらえますか？

$query="AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";
$seq=chunk_split($query,50,"<br />");
$truecol = "<span style=\"color: hsl(0,100%,25%);\">";
function colorSequence ($seq,$position,$truecol,$TFBSlength){
    $nucleotides = str_split($seq);
    foreach ($nucleotides as $index => $nucl){
        if ($index == $position){
            echo $truecol;
        }
        if ($index == $position + $TFBSlength){
            echo "</span>";
        }

        echo $nucl;
    }
    echo "\n";
}
colorSequence($seq,49,$truecol,1);
?>

これは私のコードです。基本的に、出力コードは次のようになります。 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA(red)A(/red) AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

関数を実行すると実行されますが、実行すると colorSequence($seq,49,$truecol,1); 次 のようにcolorSequence($seq,49,$truecol,3);なります AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA< span="">r />AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<>（49から51までの3文字だけを赤にしたい場合でも、49からのすべての文字は赤です）。

誰かがこれを修正できますか？

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4 に答える 4

2

あなたならprint_r($nucleotides)、あなたはそれを見るでしょう

Array
(
    ......
    [49] => A
    [50] => <
    [51] => b
    [52] => r
    [53] =>  
    ......
)

したがって、次のhtmlを破棄するを挿入し<span>ています...<br />

于 2012-05-04T09:42:11.717 に答える
2 
$query="AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";
$seq=chunk_split($query,50,'');
$truecol = "<span style=\"color: hsl(0,100%,25%);\">";
function colorSequence ($seq,$position,$truecol,$TFBSlength){
    $nucleotides = str_split($seq);
    foreach ($nucleotides as $index => $nucl){
        if ($index == $position){
            echo $truecol;
        }
        if ($index == $position + $TFBSlength){
            echo "</span>";
        }
        if(($index%50)==0){
            echo '<br>';
        }

        echo $nucl;
    }
    echo "\n";
}
colorSequence($seq,49,$truecol,1);
echo '<hr>';
colorSequence($seq,49,$truecol,3)
于 2012-05-04T10:00:34.130 に答える
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関数によって追加されたspanタグは、によって作成されたHTMLを壊しますchunk_split。

于 2012-05-04T09:34:45.263 に答える
0

DNS文字列を変更するとき$queryは、ヌクレオチドの位置と一般的な文字列オフセットを区別する必要があります。

最初は両方とも同じですが、文字列に追加するほど、これは異なります。

HTMLタグを処理し、それらをカウントしない（タグの周囲の空白を含む）独自のオブジェクトに文字列をカプセル化すると、作業が再び簡単になります。

$query = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";

// wrap line: 11 lines à 50 nucleotids
$seq = chunk_split($query, 50, "<br />\n");

// get help from sequence object
$sequence = new AmendSequence($seq);

// some HTML comments for demonstration purposes
$sequence->insertAt(0, "<!-- first line -->\n");
$sequence->insertAt(50, "<!-- second line -->\n", TRUE); # TRUE: Place after <br />
$sequence->insertAt(75, "<!-- inside second line -->");
$sequence->insertAt(550, "<!-- at end -->", TRUE); # TRUE: Place after <br />

// colorize
$color = '<span style="color: hsl(0,100%,25%);">';
$sequence->insertAt(49, $color);
$sequence->insertAt(50, '</span>');

printf("Sequence with %d nucleotids:\n", count($sequence)); # count gives length w/o amends
echo $sequence, "\n"; # that prints your sequence with all amends

これにより、次の出力が作成されます。

Sequence with 550 nucleotids:
<!-- first line -->
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<span style="color: hsl(0,100%,25%);">A</span><br />
<!-- second line -->
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<!-- inside second line -->AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<br />
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<br />
AAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
<!-- at end -->

したがって、ここでの実際の魔法はinsertAt、ヌクレオチドのオフセット位置を受け入れ、その文字列オフセットを計算する方法です。それはすべて独自のクラスにカプセル化されており、おそらく最初は少し多すぎますが、実際のアクションは、DNAとHTMLを含む文字列をDNSのセグメントのみに分割し、実際の文字列オフセットを取得することです。完全なソースコード：

<?php
/**
 * @link http://stackoverflow.com/questions/10446162/how-to-wordwrap-with-different-length-string-modification
 */

/**
 * Treat text with "tags" as text without tags when insertAt() is called.
 */
class AmendSequence implements IteratorAggregate, Countable
{
    /**
     * regex pattern for a tag
     */
    const TAG = '\s*<[^>]*>\s*';

    /**
     * @var string
     */
    private $query;

    /**
     * @param string $query
     */
    public function __construct($query = '')
    {
        $this->setQuery($query);
    }

    /**
     * @param int $offset
     * @param string $string
     * @param bool $after (optional) prefer after next tag instead before
     */
    public function insertAt($offset, $string, $after = FALSE)
    {
        $offset = $this->translate($offset, $after);
        $this->query = substr_replace($this->query, $string, $offset, 0);
    }

    /**
     * Translate virtual offset to string offset
     * @param int $virtualOffset
     * @return int
     * @throws InvalidArgumentException
     */
    public function translate($virtualOffset, $after)
    {
        if ($virtualOffset < 0) throw new InvalidArgumentException(sprintf('Offset can not be lower than 0, is %d.', $virtualOffset));
        $virtualCurrent = 0;
        foreach ($this as $segment) {
            list(, $current, $length) = $segment;
            $delta = ($virtualOffset - $virtualCurrent) - $length;
            if ($delta < 0 || ($delta === 0 && !$after)) {
                return $current + $length + $delta;
            }
            $virtualCurrent += $length;
        }
        if ($virtualCurrent === $virtualOffset && $after) {
            return strlen($this->query);
        }
        throw new InvalidArgumentException(sprintf('Offset can not be larger than %d, is %d.', $virtualCurrent, $virtualOffset));
    }

    /**
     * @return array
     */
    public function getSegments()
    {
        $segments = preg_split('/' . self::TAG . '/', $this->query, 0, PREG_SPLIT_OFFSET_CAPTURE | PREG_SPLIT_NO_EMPTY);
        foreach ($segments as &$segment) {
            $segment[2] = strlen($segment[0]);
        }
        return $segments;
    }

    public function getSequence()
    {
        $buffer = '';
        foreach ($this as $segment) {
            $buffer .= $segment[0];
        }
        return $buffer;
    }

    /**
     * @return string
     */
    public function getQuery()
    {
        return $this->query;
    }

    /**
     * @param string $query
     */
    public function setQuery($query)
    {
        $this->query = (string)$query;
    }

    /**
     * Retrieve an external iterator
     * @link http://php.net/manual/en/iteratoraggregate.getiterator.php
     * @return Traversable An instance of an object implementing <b>Iterator</b> or <b>Traversable</b>
     */
    public function getIterator()
    {
        return new ArrayIterator($this->getSegments());
    }


    /**
     * @link http://php.net/manual/en/countable.count.php
     * @return int The custom count as an integer.
     */
    public function count()
    {
        $length = 0;
        foreach ($this as $segment) {
            $length += $segment[2];
        }
        return $length;
    }

    /**
     * @return string
     */
    public function __toString()
    {
        return $this->query;
    }
}

$query = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";

// wrap line: 11 lines à 50 nucleotids
$seq = chunk_split($query, 50, "<br />\n");

// get help from sequence object
$sequence = new AmendSequence($seq);

// some HTML comments for demonstration purposes
$sequence->insertAt(0, "<!-- first line -->\n");
$sequence->insertAt(50, "<!-- second line -->\n", TRUE); # TRUE: Place after <br />
$sequence->insertAt(75, "<!-- inside second line -->");
$sequence->insertAt(550, "<!-- at end -->", TRUE); # TRUE: Place after <br />

// colorize
$color = '<span style="color: hsl(0,100%,25%);">';
$sequence->insertAt(49, $color);
$sequence->insertAt(50, '</span>');

printf("Sequence with %d nucleotids:\n", count($sequence)); # count gives length w/o amends
echo $sequence, "\n"; # that prints your sequence with all amends

echo $sequence->getSequence(); # without the amends

シーケンス内に他のHTMLがある場合とない場合で、好きなだけパーツを色付けしてください。

于 2012-05-04T13:15:13.810 に答える