なぜこれが機能しないのかわかりません。ボタンを押すか、別のメソッドから呼び出されるようにトリガーするまで、新しく追加されたサブレイヤーの暗黙的なアニメーションを実行することはできません。以下のこれは、アニメーション化する必要があると思いますが、アニメーション化しません。レイヤーの「後」の状態を示しているだけです。
CAGradientLayer *newBar = [CAGradientLayer layer];
CGFloat barHeight = ((pair.amount.floatValue/self.model.maxModelValue.floatValue)*maxBarHeight);
newBar.bounds=R(0,0,self.barWidth,0);
newBar.anchorPoint=P(0, 1);
newBar.position=P((i*barSpacing), self.insideLayer.bounds.size.height);
newBar.backgroundColor=self.lowerColor.CGColor;
newBar.colors=[NSArray arrayWithObjects:(id)self.upperColor.CGColor, self.lowerColor.CGColor, nil];
newBar.cornerRadius=self.cornerRadius;
newBar.opacity=1.0;
[self.insideLayer addSublayer:newBar];
//animation line:
newBar.opacity=0.5;