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多くのスタック変数 (struct mystruct m[1000] など) を持つ C 関数がある場合、 gdb でデバッグする場合にのみ、この関数に入るときにプログラムがクラッシュすることがあります。
そこで何が起こっているのか、少し説明していただけますか?これが「本当の」質問ではない場合は申し訳ありませんが、回答から学ぶことができると思います。
ulimit -s を確認できますか。関数で何をしようとしているのかを確認できるように、ここにプログラムを投稿できますか。