Markdown.NET は以下をエスケープしていないようです。
<script>
これは一種の問題です...
ASP.NET を使用してサーバー上で Markdown から HTML を生成する他の方法はありますか?
Markdownは HTML マークアップを明示的に許可しているため、「... 誤ってエスケープされません ...」は正しくありません。
つまり、自分で消毒する必要があるということです。必要に応じて、 Stack Overflow の HTML サニタイザーを使用することもできます。