私のプログラムは、メモリにかなり貪欲なmatplotlibを使用して多数の行（〜200k）をプロットします。通常、プロットする前に約 1.5G の空きメモリがあります。数値を表示すると、RAM の空き容量がまだ約 600 ～ 800M あるときに、システムが頻繁にスワップを開始します。この動作は、たとえば巨大な numpy 配列を作成する場合には観察されず、使用可能なすべてのメモリを瞬時に消費します。これがmatplotlibまたはシステムの問題であるかどうかを判断するとよいでしょう。
64 ビットの Arch Linux を使用しています。
UPD: swapiness レベルが 10 に設定されています。ただし、他のプログラムは、スワップが使用される前にほとんどすべてのメモリを使用しても問題ないようです。