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によって生成された3つのシーケンスのアラインメントがありますclustalx

AAAACGT Alpha
AAA-CGT Beta
AAAAGGT Gamma

Biopython で定義済みのインデックス付けを使用してアライメントをスライスできますalign[:,:4]

ただし、結果を印刷すると、次のようになります。

AAAA Alpha
AAA- Beta
AAAA Gamma

以下に示すように、名前を出力せずにサブアラインメントをキャプチャするにはどうすればよいですか?

AAAA
AAA-
AAAA

align[:,:4].seq探している出力が得られません。

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2 に答える 2

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最初にフォローアップの質問をする必要があります-正確なタイプはalign[:,:4]何ですか？

いずれにせよ、それはある種の配列のように見えるので、単純に行うことはできません.seq。が実際に個々のエントリのプロパティである場合に実行できる可能性があるのは、関数seqを使用してそれらを抽出することです。map

map(lambda el: el.seq, align[:, :4])
于 2012-05-11T14:48:03.510 に答える
0

おそらく次のようなことができます：

for x in align[:, :4]:
    print x.seq

または、printステートメントがある場所で好きなことをしてください。

于 2014-01-27T15:11:45.900 に答える