私はこのようなことをしたいと思います:
<script data-main="/js/D4/build/mainD4" src="/js/D4/build/require.js"></script>
<script data-main="/js/main" src="/js/require.js"></script>
最初のファイルをビルドし、ビルド js ファイルを /js/main に含めることもできますが、常にビルドする必要がなく、両方のプロジェクトを並べて開発できる方がはるかに高速です。これを試してみると、mainD4 がビルドされ、js/main ファイルで何も起こりません。