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dat ファイルからプローブを読み取り、それらをベクターに入れてから、ベクターをサブセットに入れて、より多くのデータを連結して CSV ファイルに書き込もうとしています。ここに私のコードがあります：

library(Biobase)
library(affy)

affys <- read.csv("address of my dat file")
affys_vec <- as.vector(affys)[,1]

exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

write.csv(sub.set,file="subset.csv")

ただし、に到達すると：exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

次のエラー メッセージが表示されます。

** Error in exprs(eset) :
  error in evaluating the argument object' in selecting a method for function 'exprs':
  Error: object 'eset' not found **

何か提案はありますか？

ありがとう、

pqtm

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Biobase がインストールされると、コンピューターで利用可能なBiobase と ExpressionSets の紹介ビネットを参照してください。

vignette(package="Biobase", "ExpressionSetIntroduction")

esetただし、 CEL またはその他のベンダー固有のファイルを前処理して作成したという考えがあります。それらを前処理する方法は、ファイルが何であるかによって異なります。おそらくaffyまたはoligoまたはlumiを使用するか、またはArrayExpressやGEOqueryなどのパッケージを使用してパブリック リポジトリから取得するか、またはlimmaを使用していて、式セットを必要としない場合があります。

BioconductorのWeb サイトとメーリング リストでは、さらに多くの情報が提供されています。

于 2012-05-10T12:27:39.463 に答える