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入力 3D データがファイル "myFile.txt" にあり、次のように編成されているとします。

435 43 23
234 23 453
212 45 2345
...

その上で PCA を実行し、最初の 2 つの主成分のみを抽出したいと考えています。これを達成する最も簡単な方法は何ですか？私は R と mdp を処分していますが、これらを有効にするために実行する必要がある一連のコマンドについてはよくわかりません。

無知な反対票ではなく、建設的なコメントをいただければ幸いです。結局のところ、目的は解決策を見つける手助けをすることです...

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ベース R で推奨される関数はprcomp()です。そのヘルプ ファイルを読んでください?prcomp。

例は次のとおりです。

mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)

modはクラスのオブジェクトで"prcomp"あり、固有ベクトルの行列 (生の/スケーリングされていない主成分) は component にありますx

> str(mod)
List of 5
 $ sdev    : num [1:4] 1.575 0.995 0.597 0.416
 $ rotation: num [1:4, 1:4] -0.536 -0.583 -0.278 -0.543 0.418 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:4] "Murder" "Assault" "UrbanPop" "Rape"
  .. ..$ : chr [1:4] "PC1" "PC2" "PC3" "PC4"
 $ center  : Named num [1:4] 7.79 170.76 65.54 21.23
  ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "Murder" "Assault" "UrbanPop" "Rape"
 $ scale   : Named num [1:4] 4.36 83.34 14.47 9.37
  ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "Murder" "Assault" "UrbanPop" "Rape"
 $ x       : num [1:50, 1:4] -0.976 -1.931 -1.745 0.14 -2.499 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:50] "Alabama" "Alaska" "Arizona" "Arkansas" ...
  .. ..$ : chr [1:4] "PC1" "PC2" "PC3" "PC4"
 - attr(*, "class")= chr "prcomp"

xコンポーネントを見てください：

> head(mod$x)
                  PC1        PC2         PC3          PC4
Alabama    -0.9756604  1.1220012 -0.43980366  0.154696581
Alaska     -1.9305379  1.0624269  2.01950027 -0.434175454
Arizona    -1.7454429 -0.7384595  0.05423025 -0.826264240
Arkansas    0.1399989  1.1085423  0.11342217 -0.180973554
California -2.4986128 -1.5274267  0.59254100 -0.338559240
Colorado   -1.4993407 -0.9776297  1.08400162  0.001450164

コンポーネント 1 と 2 を抽出する

> scrs <- mod$x[, 1:2]
> head(scrs)
                  PC1        PC2
Alabama    -0.9756604  1.1220012
Alaska     -1.9305379  1.0624269
Arizona    -1.7454429 -0.7384595
Arkansas    0.1399989  1.1085423
California -2.4986128 -1.5274267
Colorado   -1.4993407 -0.9776297

次に、それらをプロットすることができます：

plot(scrs, asp = 1) ## asp = 1 gives equal scaling to x and y axes
于 2012-05-10T12:33:29.913 に答える