IE8では、ヘッダーは下の余白が設定されているように見えますが、余白は0pxに設定されています。これをテストするためにborderプロパティを設定しました。
HTML5ヘッダーやナビゲーションなどではなくDIVタグを使用しています。
この写真を見ていると、右側にも余分なピクセルがあることに気づきました。
#header
{
margin: 0px;
padding: 0px;
width: 800px;
height: 200px;
border: 1px solid red; /* test */
}
#nav
{
margin: 0px;
padding: 0px;
border: 1px solid black; /* test */
}