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行のみで並べ替えるヒートマップ/画像に最適なパッケージはどれですか。ただし、樹状図やその他の視覚的な乱雑さは表示されません（両方の軸に自動名前付きラベルが付いた2Dカラーグリッドのみ）。基本的な数値の並べ替え以外に、派手なクラスタリングは必要ありません。データは、視覚化したい範囲（0,0.21）の数値の39x10テーブルです。

SO（これを参照）とRサイトを検索し、いくつか試してみました。スクリーンショットと対応するパッケージの優れた検索可能なリストを確認するには、Rグラフィックマニュアルを確認してください。

パッケージの範囲は紛らわしいです-どちらが好ましいヒートマップですか（ggplot2が他のほとんどのプロット用であるように）？これが私がこれまでに見つけたものです：

base::heatmapargsをheatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)使用しても、不要な樹状図を行にプロットするのは面倒です。

今のところpheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)、この人のように、テーブルを手動で事前に並べ替えています：ヒートマップの行の順序？

補遺：各セル内の値を表示するには、次を参照してください：値を含むマトリックスをヒートマップとして表示します。私はそれを必要としませんでしたが、それは持っていてうれしいです。

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2 に答える 2

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pheatmapオプションtreeheight_rowを使用してtreeheight_col、これらを0に設定できます。

于 2012-05-12T21:59:56.003 に答える
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あなたが言及していないちょうど別のオプション...bipartiteそれはあなたが言うのと同じくらい簡単なのでパッケージ

library(bipartite)
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("a","b","c")
colnames(mat)<-c("a","b","c")
visweb(mat,type="nested")
于 2012-05-12T09:00:40.760 に答える