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親愛なる R の天才たちへ

葉がラベル付けされていない樹状図でクラスターの枝に色を付けたいと思います。

Stackoverflow で次のスクリプトを見つけました。

clusDendro <- as.dendrogram(Clustering)
labelColors <- c("red", "blue", "darkgreen", "darkgrey", "purple")

## function to get colorlabels
colLab <- function(n) {
   if(is.leaf(n)) {
       a <- attributes(n)
       # clusMember - a vector designating leaf grouping
       # labelColors - a vector of colors for the above grouping
       labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]
       attr(n, "nodePar") <- c(a$nodePar, lab.col = labCol)
   }
   n
}

## Graph
clusDendro <- dendrapply(clusDendro, colLab)
op <- par(mar = par("mar") + c(0,0,0,2))
plot(clusDendro,
     main = "Major title",
     horiz = T, type = "triangle", center = T)

par(op)

次のように自分のデータに適応させようとしましたが、成功しませんでした。

Gdis.UPGMA<-hclust(Gdis, method = "average", members=NULL)
k<-12
Gdiswo<-reorder.hclust(Gdis.UPGMA, Gdis, labels = FALSE)
cutg <- cutree(Gdiswo, k=k)

clusDendro <- as.dendrogram(Gdiswo)
labelColors <- c("red", "blue", "darkgreen", "darkgrey", "purple")

## function to get colorlabels
colLab <- function(n) {
   if(is.leaf(n)) {
       a <- attributes(n)
       # cutg - a vector designating leaf grouping
       # labelColors - a vector of colors for the above grouping
       labCol <- labelColors[cutg[which(names(cutg) == a$label)]]
       attr(n, "nodePar") <- c(a$nodePar, lab.col = labCol)
   }
   n
}

## Graph
clusDendro <- dendrapply(clusDendro, colLab)
op <- par(mar = par("mar") + c(0,0,0,2))
plot(clusDendro,
     main = "Major title",
     horiz = T, type = "triangle", center = T)

par(op)

n が問題の原因であると思われますが、n の代わりに何を入力すればよいかわかりません。論文の締め切りが迫っていますので、アドバイスをいただければ幸いです。ありがとう、-エリザベス

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edgePar樹状図オブジェクトの要素を設定する必要があります。

のヘルプに?dendrapplyは、ノードラベルの色を設定する例があります。ポイントする1行を変更し"edgePar"て設定するだけcolで、ほぼ完了です。

attr(n, "edgePar") <- c(a$nodePar, list(col = mycols[i], lab.font= i%%3))

完全に変更された例：

## a smallish simple dendrogram
dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave"))

## toy example to set colored leaf labels :
local({
  colLab <<- function(n) {
    if(is.leaf(n)) {
      a <- attributes(n)
      i <<- i+1
      attr(n, "edgePar") <-
        c(a$nodePar, list(col = mycols[i], lab.font= i%%3))
    }
    n
  }
  mycols <- grDevices::rainbow(attr(dhc21,"members"))
  i <- 0
})
dL <- dendrapply(dhc21, colLab)
plot(dL) ## --> colored labels

ここに画像の説明を入力してください

?dendrapplyとを注意深く研究することで、これを行うことについてすべて読むことができます?as.dendrogram

于 2012-05-13T15:12:39.683 に答える
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Just for a bit more information, if you want to colour the labels, change edgePar to nodePar, and use lab.col. Due to the node defaults, you also need to set pch to NA if you want things to look the same:

## a smallish simple dendrogram
dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave"))

## create random colours for leaves based on a md5 hash of the leaf labels
library(digest);
dL <- dendrapply(dhc, function(n){
  if(is.leaf(n)){
    labelCol <- paste("#",substring(digest(attr(n,"label")),1,6), sep="");
    attr(n, "edgePar") <- list(col = labelCol);
    attr(n, "nodePar") <- list(pch = NA, lab.col = labelCol, lab.cex = 0.75);
  }
  n;
});

plot(dL); ## --> colored labels

色付きラベル付き樹形図

于 2014-04-24T04:43:32.323 に答える