このコードが機能しない理由がわかりません:
$(window).scroll(function () {
    var $scrtop = $(window).scrollTop(),
    $topnavbar = $(".topbar,.navbar-fixed-top");
    $topnavbar.mouseenter(function(){
        $topnavbar.stop(true,true).fadeTo(4000,1);
    }).mouseleave(function(){
        $topnavbar.stop(true,true).fadeTo(4000,.5);
    })
    if( $scrtop > 100 )
    {
        $topnavbar.stop(true,true).fadeTo(4000,.5);
    } else {
        $topnavbar.stop(true,true).fadeTo(4000,1);
    }
});//scroll
それは、fadeTo() の段階なしで最終的な不透明度に直接行くだけです。ここにjsfiddleがあります:http://jsfiddle.net/pPr9S/