Windows 7 マシンで管理者アクセスが必要なディレクトリにあるプロジェクトがあります。ファイルを開いて編集すると、エラーが発生することなく保存できます。ただし、ファイル システムから直接ファイルを開くか、[システム エディター] オプションを使用してファイルを開くと、変更が反映されません。
Java Eclipse パッケージを使用してこれと同じことを行うと、保存しようとするとエラーが発生します。
Aptana Studio が保存をどこかにキャッシュしているとしか思えませんか? Aptana Studio を閉じてコンピューターを再起動しても、キャッシュされた変更は引き続き表示されます。しかし、プロジェクトの「場所:」パスからファイルを見ると見つかりません。