2つの書き換えルールがあります。
RewriteRule ^([^/]+)(/.+)? /negocio$2.php?shopURL=$1 [L,QSA]
と
RewriteRule ^([^/]+)(/.+)? /negocio/?shopURL=$1 [L,QSA]
これらは両方とも別々に機能しますが、両方を使用すると書き換えループが作成されます。条件を追加する必要があるので、最初の条件はサブディレクトリ($ 2が存在する)がある場合にのみ適用され、2番目の条件は逆になります。if($ 2が存在しない)を書き直します。